В 1969 году в институте появилась лаборатория молекулярной биологии и генетики микроорганизмов. Лаборатория стала центром генетической инженерии в стране. Здесь впервые в СССР получили рекомбинантную молекулу ДНК (1975), первый вектор (1977). Отсюда вышла отечественная биотехнология, которую официально признали в 1981 году. Председателем Научного совета по проблемам биотехнологии стал академик А.А. Баев.
Исследования ИБФМ заложили основы микробиологической промышленности в стране. Сейчас это крупнейший отечественный исследовательский микробиологический центр. Здесь работают 24 доктора наук, более 100 кандидатов наук. Сотрудники ежегодно публикуют 120 научных статей. На разработки института оформлено более 370 патентов СССР и РФ, 79 патентов зарубежных стран.
В институте работает опытная технологическая установка. Это небольшой биотехнологический завод, где разрабатывают технологии для массового производства. Здесь довели до промышленности производство фермента лизоамидаза, который лучше, чем антибиотики, борется с микробным заражением слизистых и ран человека, получили технологию очистки почвы и акватории от нефти с помощью штаммов-продуцентов (препарат «МикроБак»). Производства ценных органических кислот (лимонной, изо-лимонной, альфа-кетоглутаровой, арахидоновой) тоже начались отсюда. Развивается и перспективное направление биотопливных элементов и биосенсоров. Это приборы, где используются клетки микроорганизмов или их элементы.
В ИБФМ располагается самый большой банк и генофонд микробов в СНГ — Всероссийская коллекция микроорганизмов. Она содержит 20 тысяч культур, в том числе запатентованных и ценных. По некоторым группам микроорганизмов коллекция входит в десятку крупнейших в мире. Ее фонд используют для поиска биологически активных соединений, будущих лекарств.
Каждый год в институте проходят практику более ста студентов со всей страны. В штате работают 25 выпускников ПущГЕНИ.