За усадьбой Пущино-на-Оке постоянно следила семья Голубевых, проживавшая поблизости. В связи со смертью главной хранительницы Клавдии Егоровны Голубевой усадьба с осени осталась без присмотра. Чтобы спасти памятник, Евгения Комарова намерена обратиться в МЧС с просьбой заколотить окна и проходы в здание.
С 1985 года усадьба Пущино-на-Оке и парковый ансамбль охраняются государством, это объект исторического и культурного наследия федерального значения, но денег на ее реконструкцию и охрану не выделяют. Земля под усадьбой находится в федеральной собственности, а постройками управляла Академия науки, теперь они в ведении ФАНО. В целом же памятником распоряжается Госкомимущество. Из-за сложных межведомственных взаимодействий усадьба стоит покинутая, постепенно разрушаясь от времени.