Школа принимает детей в возрасте от 7 до 14 лет, формируя две группы: младшую и старшую. Уроки проводятся один раз в неделю по выходным. Полный курс обучения рассчитан на семь лет.
Программа включает изучение основ православия, Библии, Евангелия, азов церковного богослужения и церковнославянского языка. Помимо этого, в школе уделяется внимание традиционной славянской культуре и творчеству, предлагаются занятия по пению, аппликации, выжиганию по дереву, столярному делу и созданию народной куклы.
При школе действует театр кукол, который регулярно организует представления, посвященные православным праздникам. Спектакли с участием учеников, исполняющих роли в народных костюмах, и молодежи, играющей на гуслях и колоколах, известны за пределами Пущино.
Воскресная школа при храме Михаила Архангела функционирует уже 30 лет. С 2006 года ею руководит Лариса Захарова, которая в 2011 году стала победителем конкурса «За нравственный подвиг учителя». За разработанный учебно-методический комплекс «Вертоград» Лариса Захарова награждена грамотой Министерства образования России и премией Святейшего Патриарха.